Изначально футбольный клуб назывался «Спартак». Одним из основателей клуба был Спартак Евстигнеев, учредитель общества с ограниченной ответственностью «Спартак». По своей личной инициативе он долгое время осуществлял спонсорскую поддержку клуба. Поддержка клуба осуществлялась вплоть до 2010 года.
После ухода основного спонсора, деятельность клуба осуществлялась усилиями энтузиастов. Александр Алпашкин продолжал тренировать детей и не жалея сил и собственного времени держал на плаву детско-юношеский футбол города Бахчисарая.
Возрождение детского футбола началось с 2014 года. Группа энтузиастов создали детскую спортивную школу, где первое время работало два тренера.
В 2015 году благодаря усилиям и поддержке КРЫМСКОГО ФУТБОЛЬНОГО СОЮЗА (со специальным статусом) в городе была сформирована профессиональная футбольная команда — ФК «БАХЧИСАРАЙ». Команда стала участником первого сезона Премьер Лиги Республики Крым сезона 2015-2016 гг. Согласно регламентирующих правовых актов КРЫМСКОГО ФУТБОЛЬНОГО СОЮЗА (со специальным статусом) в профессиональной футбольной команде необходимо функционирование отделения детско-юношеского футбола. Футбольная школа и ФК «Бахчисарай» выступили единым центром развития детско-юношеского футбола в городе Бахчисарае.
В 2016 году, благодаря совместным усилиям ФК «Бахчисарай» и Крымского федерального университета им. В.И. Вернадского была сформирована профессиональная футбольная команда «КФУ-Бахчисарай», которая стала участником второго сезона Премьер Лиги Республики Крым сезона 2016-2017 гг.
Для дальнейшего развития спорта, в том числе и футбола, в городе Бахчисарай было создана автономная некоммерческая организация «Спортивный клуб Бахчисарай». В этот период истории клуба было сформировано внутри структуры спортивного клуба подразделение — футбольная школа «Бахчисарай». Штат детских тренеров вырос до пяти человек. Две детских футбольных команды приняли участие в открытом первенстве по футболу среди детско-юношеских команд в Республике Крым.
В настоящее время спортивный клуб «Бахчисарай» продолжает свое развитие. За достижения в развитии детско-юношеского футбола в Бахчисарайском районе и Республике Крым спортивный клуб «Бахчисарай» отмечен почетными благодарностями. Заслуги старшего тренера футбольной школы Алпашкина Алесандра Николаевича отмечены благодарностью Главы Республики Крым С.В. Аксенова.
Регистрация ФК «Бахчисарай» участником первого сезона 2015-2016 годов Премьер Лиги КРЫМСКОГО ФУТБОЛЬНОГО СОЮЗА (со специальным статусом).
Благодарность КРЫМСКОГО ФУТБОЛЬНОГО СОЮЗА (со специальным статусом) за развитие детско-юношеского футбола в Республике Крым.